Les travaux de ce thème visent à élucider et quantifier les processus de recharge des aquifères et d'émergence dans les cours d'eau, les lacs et les milieux humides. Les effets du climat froid et humide du sud du Québec sont étudiés pour mieux comprendre les effets de la couverture neigeuse et des alternances gel-dégel sur les processus de recharge, et des recherches similaires sont menées en parallèle dans les régions froides ailleurs dans le monde. Ces recherches sont réalisées conjointement avec l'étude de l'impact de la déglaciation sur la mise en place des systèmes hydrogéologiques actuels et la répartition des ressources hydriques dans le Québec méridional. Dans les prochaines années, les chercheurs visent à comprendre comment le contexte géomorphologique, l'hydrologie d'un bassin versant, l'occupation du territoire et les pressions anthropiques influencent la recharge et l'émergence des eaux souterraines dans les réservoirs de surface et les écosystèmes qui en dépendent.